U sastavu Prirodoslovno-matematičkog fakulteta nalaze se dvije najstarije i najveće zbirke mahovina, papratnjača i vaskularnih biljaka u Hrvatskoj. Zbirka Herbarium Croaticum (ZA) sadrži oko 230000 primjeraka sakupljenih u Hrvatskoj i cijelom svijetu tijekom posljednjih 200 godina. Herbarij Ive i Marije Horvat (ZAHO) sadrži 71611 herbarijskih primjeraka sakupljenih na području Hrvatske i Balkanskog poluotoka.